Thực tế việc doanh nghiệp dám kiện cơ quan thuế rất ít. Doanh nghiệp mải mê kiếm tiền không thời gian đâu theo kiện. Cơ quan thuế lại trực tiếp quản lý thuế doanh nghiệp, nếu kiện có thắng thì cũng rắc rối to. “ Bói ra ma quét nhà ra rác “, nếu bị thuế “ soi “ thì không lỗi nọ thì lỗi kia. Tuy nhiên, thực tế một số vụ doanh nghiệp kiện cơ quan thuế cho thấy có lẽ đây là cơ quan hễ bị kiện là … thua. Dẫn vài vụ làm ví dụ:

Công ty Indochina bị Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh truy thu các khoản: Thuế thu nhập doanh nghiệp 2 năm là 247 triệu đồng, thuế giá trị gia tăng 2 năm là 110 triệu đồng, chậm nộp 93 triệu đồng, phạt khai sai 11,3 triệu đồng. Công ty này kiện với lý do: Lĩnh vực kinh doanh công ty thuộc lĩnh vực ưu đãi đầu tư được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp 2 năm và giảm 50% 3 năm tiếp theo.
Vụ việc đưa lên Tòa Cấp cao tại thành phố Hồ Chí Minh ra bản án theo đó, Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh thua kiện vì áp dụng văn bản pháp luật đã hết hiệu lực.

Công ty Hoa Sáng bị Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp 540 triệu đồng, phạt 36 triệu đồng. Lý do công ty này dùng nhà xưởng giá 15,6 tỷ đồng ( theo sổ sách kế toán ) góp vốn liên doanh với Công ty Hitech. Nhưng khi hai bên thỏa thuận định giá thì tài sản này được đánh giá là 24,3 tỷ đồng, chênh lệch gần 8 tỷ. Cục Thuế cho rằng đây là thu nhập khác của Hoa Sáng nên bắt đóng thêm thuế thu nhập doanh nghiệp.

Vụ việc cũng được Tòa Cấp cao tại thành phố Hồ Chí Minh giải quyết và Cục Thuế lại thua vì theo luật định, đây không phải là thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp.
Công ty Phú Lễ bị Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp và phạt gần 5,6 tỷ. Lý do công ty này cho đại lý hưởng 5% chiết khấu thương mại, nhưng Cục Thuế lại không chấp nhận và cho rằng đó là khuyến mãi.

Tòa án đã không chấp nhận quan điểm Cục Thuế và xử Cục Thuế tiếp tục thua.

Qua các vụ kiện trên, có thể thấy: Nếu doanh nghiệp cho rằng hạch toán kế toán là có cơ sở, đừng ngại kiện cơ quan thuế, ngay cả khi cơ quan thuế đó là một trong những đơn vị quản lý với chất lượng cán bộ cao bậc nhất. Tòa án trong trường hợp này giữ vai trò là trọng tài phân xử, không thiên về bên nào cả, bên nêu được cơ sở pháp luật ủng hộ yêu cầu của mình hẳn nhiên sẽ thắng kiện.

Các vấn đề liên quan đến thuế mà doanh nghiệp có thể bị áp thuế sai khá đa dạng. Lĩnh vực hay gặp là việc áp các dòng thuế nhập khẩu. Nếu doanh nghiệp từ bỏ sự ngại ngần, trong lĩnh vực này, cơ quan thuế vẫn có thể bị xử thua.
 
Nguồn : Bài viết của Luật sư Lê Vinh, Trưởng Văn phòng Luật sư Chương Dương